dimecres, 16 de setembre del 2020

Les PCRs de COVID19, alguns conceptes mal entesos.

Degut a la gran quantitat d'informació contradictòria que córre per les xarxes, he pensat que seria útil recollir en un post el que penso com a doctora en bioquímica sobre les famoses PCRs com sempre fonamentant-ho amb la meva experiència i amb la literatura que ha passat revisió d'altres científics.

Tot i que en l'us quotidià es diu "he anat al CAP a fer-me una PCR" la frase no és certa del tot, com quan diem "he anat al CAP a fer-me una analítica". Perquè de fet al CAP no fan ni PCR ni analítiques, el que fan és recollir la mostra de moc, en el primer cas, o de sang o orina, en el segon. Les analítiques, també les proves PCR, es fan en un laboratori.

Fa uns mesos vaig estar involucrada com a supervisora voluntària en una plataforma de PCRs de SARS-CoV-2 que va muntar la Generalitat anomenada programa ORFEU al meu centre de recerca, l'IRBBarcelona. Vaig estudiar-me el cas de la PCR per detectar el virus que causa el COVID19 amb més deteniment que altres proves i us en voldria aclarir alguns conceptes.
Volia fer-vos una introducció al tema, però tinc uns companys que tenen un blog tan bo de divulgació científica i ho expliquen tan bé que el primer que faré es enviar-vos a llegir el seu article sobre PCR aquí.

N'extrec dues idees que em semblen imprescindibles: 
1- Una prova de PCR positiva a partir de moc indica amb molta sensibilitat (detecta nivells molt baixos) que en el tub que ha entrat a la màquina d'analitzar hi ha material genètic del virus de SARS-CoV-2 (el responsable de causar COVID19).
2- L'extracció de moc no és gaire invasiva, bàsicament s'introdueix un hisop llarg (o palet llarg amb una mica d'espongeta al final) pel nas fins a tocar el fons de la gola. Se'n diu mostra nasofaríngea. Ara s'està estudiant la manera de fer la mateixa prova amb mostra de moc nasal directament o de saliva que encara seria menys molest, però encara està en fase d'estudi.

Després d'això la persona no sofreix cap més alteració. Aquesta mostra va al laboratori i s'hi aplica el protocol per amplificar el material genètic específicament del SARS-CoV-2.

Això vol dir que no falla mai?
En absolut. 
Els falsos positius sempre poden aparèixer en un test. Però en aquest cas no és per falta de sensibilitat o discriminació del test, sinó més aviat del tractament de la mostra. O sigui, per contaminació de la mostra amb una altra que té virus. Però no que tingui qualsevol altre virus, ni tan sols de la mateixa família.
Els falsos negatius són més habituals, però es deuen sobretot a no haver pres bé la mostra.

Això pel que fa al test PCR, o a la PCR, per cert, que és una paraula femenina.

Si aneu posant preguntes intento respondre-les i contrarestar-les i anar ampliant segons us interessi.